بخش میکروب شناسی آزمایشگاه طبق استانداردهای موجود به صورت مجزا از سایر بخش ها و مجهز به هود میکروبیولوژی لامینار کلاس II ؛ و کف شوی و سینک دستشویی اختصاصی می باشد.
دراین بخش کشت میکروبی نمونه های مختلف و همچنین رنگ آمیزی ها و آزمایشات مستقیم باکتری شناسی ،قارچ شناسی و حشره شناسی انجام می شود.
تعیین سوش های میکروبی با تست های بیوشیمیائی اختصاصی صورت می گیرد و جهت تعیین حساسیت سوش های میکروبی به آنتی بیوتیک ها از استاندارد 0/5 مک فارلند استفاده می شود.
انجام آزمایشات در زیر هود کلاس II که مجهز به فیلتر اختصاصی هپا، Fan ، مهتابی وچراغ UV می باشد موجب جلوگیری از انتشار آلودگی به شخص آزمایش کننده و نیز جلوگیری از آلودگی به خارج از هود می شود.
کنترل کیفی بخش میکروب شناسی بر اساس استاندارد های CLSI انجام شده و کنترل کیفی محیط های کشت میکروبی و دستگاه های بخش میکروبیولوژی به روش های مختلف شیمیایی، دستگاهی و بیولوزیک انجام می شوند.
بخش میکروبیولوژی این آزمایشگاه مجهز به دستگاه آنتی بیوگراف جهت تعیین حساسیت آنتی بیوتیکی باکتری ها و کیت های کمپانی بیومریو جهت انجام تست های تخصصی و تعیین سوش میکروبی بصورت نرم افزاری می باشد.